Flathub ist ein Repository für Linux-Anwendungen, das mit Flatpak verpackte Anwendungen bereitstellt. Es ist die zentrale Anlaufstelle für den Erhalt von Anwendungen, die mit Flatpak verpackt sind. Flathub bietet Hunderte von Apps und Spielen für Linux, darunter beliebte Anwendungen wie Firefox, GIMP u.v.a. Es ist sowohl für die Flathub-Administratoren als auch für die Entwickler der Programme möglich, Pakete hinzuzufügen. Mit Flathub können Benutzer die neuesten stabilen Versionen von Anwendungen erhalten.
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