{"id":5166,"date":"2023-09-16T10:33:10","date_gmt":"2023-09-16T08:33:10","guid":{"rendered":"https:\/\/linux-bibel.at\/?p=5166"},"modified":"2023-09-16T10:44:18","modified_gmt":"2023-09-16T08:44:18","slug":"rasmol-molekuele-unter-linux-visualisieren","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/linux-bibel.at\/index.php\/2023\/09\/16\/rasmol-molekuele-unter-linux-visualisieren\/","title":{"rendered":"RasMol – Molek\u00fcle unter Linux visualisieren"},"content":{"rendered":"\n

Um Moleküle anzusehen, benötigt man ein Elektronenmikroskop – ein solches ist jedoch recht teuer, oder eine passende Software. Unter Linux<\/a> findet sich dazu unter anderem die Software RasMol – diese ist zwar auch für macOS und Windows verfügbar – aber nur unter Linux<\/a> lassen sich auch zahlreiche Web-Tutor<\/a>ials anwenden. Wir sehen uns hier einmal diese Software etwas genauer an.<\/p>\n\n\n\n

RasMol installieren<\/h2>\n\n\n\n

Unter auf Debian<\/a> basierenden Linux<\/a>-Distribution<\/a>en installieren Sie diese Software wie üblich ganz einfach über die Paket-Verwaltung<\/a> durch das Paket<\/a> „rasmol<\/strong>„, alternativ finden Sie diese Software auch unter RasMol<\/a>.<\/p>\n\n\n\n

RasMol nutzen<\/h2>\n\n\n\n

Sie finden diese Software nach der Installation im Anwendungsmenü unter der Kategorie Bildung<\/em>, alternativ nutzen Sie den Schnellstarter (Alt+F2<\/em>) oder das Terminal<\/a> mit dem Befehl<\/a>:<\/p>\n\n\n\n

rasmol-gtk<\/code><\/pre>\n\n\n
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\"\"<\/a><\/figure>\n<\/div>\n\n\n
Was wir nun benötigen ist eine Beispiel-Datei<\/a> für ein Molekül – hier akzeptiert die Software unter anderem Datei<\/a>en im PDB-Format, ich nehme hier ein Beispiel aus der PDB-Datenbank für Proteine<\/a>. In meinem Beispiel das Protein „3b5c<\/strong>“ und öffne dieses über das Menü „File → Open<\/em>„:<\/p>\n\n\n
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\"\"<\/a><\/figure>\n<\/div>\n\n\n
Über das Menü „Display<\/em>“ schalten Sie zwischen verschiedenen Ansichten um, hier etwa „Sticks<\/em>„:<\/p>\n\n\n
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\"\"<\/a><\/figure>\n<\/div>\n\n\n
Mit der linken Maustaste drehen Sie das Molekül, mit der rechten wird es verschoben. Mit den weiteren Menüs – etwa „Colors<\/em>“ lässt sich die Ausgabe anpassen.

Mit Umschalt+Linksklick+Ziehen<\/strong> regeln Sie den Zoom:<\/p>\n\n\n
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\"\"<\/a><\/figure>\n<\/div>\n\n\n
Über das Menü „Options<\/em>“ lassen sich wieder unter anderem die Bezeichnungen aktivieren und deaktivieren:<\/p>\n\n\n
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\"\"<\/a><\/figure>\n<\/div>\n\n\n
Die komplette Dokumentation der Software finden Sie unter RasMol Dokumentation<\/a>.<\/p>\n\n\n\n
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Erstveröffentlichung: So 12. Dez 2021, 15:19<\/strong><\/p>\n
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\r\n    \r\n                            \"Gef\u00e4llt\r\n            <\/a>\r\n        <\/span>\r\n<\/div>
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